Базилика, выполненная в романском стиле, была возведена в 12 в. после того, как в Бари из Мир Ликийских (Малая Азия, современная Турция) были привезены мощи святителя Николая. Святые мощи Великого Угодника Божия хранятся в каменной гробнице в крипте (нижнем храме) Базилики, доступ к которой открыт для паломников. 

Мощи святителя Николая источают миро, которое забирается из каменной раки один раз в год — 9 мая (по новому стилю). 

С 1951 г. и по настоящее время хранителями Базилики и святых мощей являются монахи доминиканского ордена. На гробнице с мощами Святителя настоятелем Подворья Русской Православной Церкви (Московского Патриархата) регулярно совершаются Литургии и молебные пения, а также, по просьбам многочисленных паломников, таинства крещения и браковенчания. 
Русское Подворье в Бари, спроектированное и построенное по инициативе императора страстотерпца Николая II Александровича на народные средства, существует с начала ХХ в. 

После 1917 г., оставшееся без опеки и попечительства России, Подворье и прилегающий к нему земельный участок были в 1937 г. за бесценок незаконно проданы представителями праворадикального крыла русской эмиграции городским властям Бари. В 1998 г. в связи с увеличившимся потоком православных паломников из России и других стран главный храм комплекса Русской Церкви в Бари во имя святителя Николая и ряд помещений были переданы мэрией города Московскому Патриархату. 
С 1999 г. в храме регулярно совершаются богослужения. 

При храме существует большая община верующих, ведется активная приходская работа. Совершаются также богослужения на мощах святителя и чудотворца Николая.

В 2009 г. правительство Италии вернуло весь комплекс подворья России. Церемония передачи символического ключа от подворья состоялась в г. Бари при участии президентов России и Италии  (Д. Медведева и Д. Наполитано).