Решение о передаче в собственность России подворья Русской православной церкви в Бари было принято итальянскими властями во время визита в страну Владимира Путина в марте 2007 года.

В апреле 2008 года правительство Италии завершило внутригосударственные процедуры по передаче подворья российской стороне на безвозмездной основе, 13 ноября в Риме состоялось подписание акта передачи России этого архитектурного комплекса.

В состав комплекса общей площадью 8 тысяч кв.м входят странноприимный дом и храм Святителя Николая.

Деятельное участие в создании храмового комплекса для русских паломников, приезжающих в Бари поклониться мощам Святителя Николая Чудотворца (мощи находятся в католической базилике примерно в 2 км от подворья), приняла святая великая княгиня Елисавета Феодоровна. Комплекс строился в 1913–1917 годах по проекту архитектора Алексея Щусева на пожертвования верующих, в том числе императора Николая II.

Из-за Первой мировой войны и революции работы не были завершены. В 1937 году все здания храмового комплекса вместе с землёй были переданы муниципалитету Бари русскими эмигрантами – членами Российского палестинского общества из-за отсутствия средств для поддержания церкви.

В конце 1990-х годов власти города передали в пользование Московскому патриархату часть построек – верхний храм и ряд жилых помещений.

После церемонии передачи в собственность России подворья Русской православной церкви Дмитрий Медведев посетил католическую базилику, где покоятся мощи святого Николая Чудотворца.